総務・企画

1. 庶務に関すること。
2. 経理に関すること。
3. 高知県感染症情報センターに関すること。
4. 高知県気候変動適応センターに関すること。
5. 地域の保健、医療及び福祉に関する情報の収集、処理及び提供並びに調査研究に関すること。
6. 感染症発生動向調査に関すること。
7. 衛生環境研究所の事務運営方針等の検討・協議、組織に関すること。 

保健科学課

1. 疾病の予防及び健康の保持、増進等に係る調査研究及び試験検査に関すること。
2. 健康事象の疫学的調査研究に関すること。
3. 食品の調査研究（理化学的調査研究手法を用いるものを除く。）に関すること。
4. 衛生微生物等の調査研究及び試験検査に関すること。
5. 感染症発生動向調査に関すること。
6. 細菌及びウィルスの遺伝子解析検査に関すること。
7. その他、保健科学の推進に必要な調査研究及び試験検査に関すること。
8. 地域保健関係者に対する技術指導等に関すること。

食品科学課

1. 食品及び医薬品等に係る調査研究及び試験検査に関すること。
2. 家庭用品、化学物質等の調査研究に関すること。
3. 毒性学的試験検査に関すること。
4. 飲料水、室内空気等の理化学的試験検査に関すること。
5. 食品、食品添加物等の細菌学的理化学的試験検査に関すること。
6. 感染症及び食中毒の細菌検査に関すること。
7. 毒物劇物の試験検査に関すること。
8. 医薬品等の試験検査に関すること。
9. 家庭用品等の試験検査に関すること。
10. 温泉の試験検査に関すること。
11. 放射能の試験検査に関すること。
12. その他、食品科学の推進に必要な調査研究及び試験検査に関すること。
13. 地域保健関係者に対する技術指導等に関すること。

環境科学課

1. 環境保全に係る監視、測定調査及び検査に関すること。
   • 工場・事業場の立入検査（ばい煙等監視測定、排水監視測定）
   • 大気調査（常時監視局、移動測定、有害大気汚染物質測定、PM2.5成分分析）
   • 水質調査（公共用水域等）
   • 環境汚染事故等に対する危機管理、行政依頼検査
   • 騒音（航空機騒音等）・振動・悪臭の測定
   • 国設檮原測定局（酸性雨等）
2. 環境保全に係る研修及び試験研究に関すること。
   • 水質、大気、廃棄物等に関する調査研究
   • 化学物質等による環境汚染に係る調査研究
   • 災害時における生活環境保全業務
3. 環境保全に係る施設及び処理技術の指導に関すること。
4. 環境及び公害の情報資料等の収集に関すること。